É, dessa vez a Apple mandou bem pra dificultar a vida de quem usa Jailbreak.

Primeiramente porque tanto o iPhone 3GS quando os iPods touch de terceira geração e os de segunda geração mais recentes (modelos que começam por MC) fazem uma verificação online antes da restauração, ou seja, ele verifica se o firmware que você está tentando instalar não é mais antigo que o que já está instalado. Em outras palavras, não tem como fazer downgrade, somente restaurar para o mesmo instalado ou mais recente.

Mas agora nem quem já está no 3.1.2 pode restaurar de volta para o 3.1.2, somente 3.1.3. Portanto se você tem um dos aparelhos citados acima e está rodando 3.1.2 com Jailbreak, cuidado para não zuar o aparelho, pois se precisar restaurar você só poderá escolher o 3.1.3, que não tem Jailbreak ainda (para esses modelos).

Lembrando que para os modelos de iPod touch e iPhone mais antigos isso não é válido pois eles não fazem a checagem de firmware.

Fonte

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Atualização: Hehe viva o Cydia, nem tudo está perdido. Seguindo esse tutorial você consegue voltar do 3.1.3 para o 3.1.2, mas antes você deve ter ligado a opção no Cydia make my life easier, para que o servidor do Cydia guarde as informações necessárias do seu aparelho. Basicamente você engana o iTunes, ele acha que está se comunicando com a Apple mas na verdade está se comunicando com o servidor do Cydia, e este te autoriza a instalação do firmware mais antigo. Genial. [eu testei aqui e funciona mesmo]